اولین نکته برای شروع تمایز «برنامه وب در مقابل وب سایت» تعامل است. یک وب سایت محتوای بصری و متنی را ارائه می دهد که کاربر می تواند ببیند و بخواند، اما به هیچ وجه در این محتوای بصری و متنی تأثیر نمی گذارد. در مورد یک برنامه وب، کاربر نه تنها می تواند محتوای صفحه را بخواند بلکه می تواند داده های موجود در این صفحه را نیز دستکاری کند. این تعامل به شکل یک گفتگو است: کاربر روی دکمه کلیک می کند یا فرمی را ارسال می کند و از صفحه پاسخ می گیرد. این پاسخ ممکن است به شکل دانلود سند، چت آنلاین، پرداخت الکترونیکی و موارد دیگر باشد.

یک مثال گویا از تعامل برنامه کاربردی وب، یک برنامه بانکداری آنلاین است که معاملات را بر اساس ورودی مشتری انجام می دهد. عملکرد مشابهی را می توان در یک فروشگاه آنلاین پیدا کرد که به بازدیدکنندگان اجازه می دهد در کاتالوگ جستجو کنند و اقلام را فورا خریداری کنند. شبکه های اجتماعی یکی دیگر از نمونه های تاثیرگذار است. آنها کاربران را از طریق چت و پلتفرم‌های وبلاگ به هم متصل می‌کنند، محتوای فیدهای خود را بر اساس ترجیح کاربران تولید می‌کنند و امکان اشتراک‌گذاری تقریبا نامحدود محتوا را فراهم می‌کنند، حتی کاربران می توانند از برنامه‌های کوچک داخلی آنها برای سرگرمی استفاده کنند.

مشکل برای تشخیص وب سایت از برنامه تحت وب این است که امروزه به ندرت می توان با یک وب سایت در تعامل بود و از عناصر برنامه تحت وب بااستفاده نکرد .  وب سایت های مدرن معمولاً حاوی عناصر کوچک برنامه وب هستند. برای مثال، وب‌سایت یک رستوران ممکن است حاوی ویجت Google Maps باشد که مسیری به این رستوران را نشان می‌دهد. با این حال، در مورد وب سایت ها، وزنه بین محتوای اطلاعاتی و تعامل به سمت محتوای اطلاعاتی سنگین تر است . یک وب سایت معمولی حاوی عناصر تعاملی بسیار کمتری نسبت به محتوای اطلاعاتی است و کاربر معمولاً بیشتر وقت خود را در یک وب سایت به خواندن، مشاهده یا گوش دادن می گذراند. در برنامه های کاربردی وضعیت برعکس است، زیرا عملکرد اصلی برنامه های تحت وب بر اساس تعامل با کاربر است.